Ein sehr seltener Typus ist der Typus Unbekannt. Diesen besitzen meist Digimon über die generell nur sehr wenig bekannt ist, da sie womöglich auf "nicht normale" Weise entstanden sind. Auffällig hierbei ist allerdings auch, dass Digimon, wie beispielsweise Quartzmon, Ordinemon oder Diaboromon, ebenfalls Unbekannt-Digimon sind, was aber wohl vor allem daran liegt, dass keiner eine Begegnung mit ihnen lange genug überlebte, um davon zu berichten.